異種データベース間では構造やデータモデルが大きく異なり，それらの差異を吸収しつつ効率的に同期を行う手法の設計が課題である。双方向変換（Bidirectional Transformation）に基づく同期機構は方向毎の変換処理記述を一元化できるが，データ規模の増大に伴う効率改善の必要性は残る。本研究は，多くのデータベースが備えるバイナリ形式による入出力機能に着目し，双方向変換の同期媒体としてバイナリデータを利用する手法を提案する。BiGUL のビュー更新規則に従い，バイナリデータを直接操作することで，中間表現生成と変換処理の負荷を低減する。評価の結果，従来のテキスト形式を用いた同期方式と比較して，一貫性を維持したまま特定のシナリオにおいて性能を向上させることが示された。