本稿では、木構造を有する自動倉庫の運用効率向上を目的として、オーダーの搬出口割り当てと荷物配置の同時最適化問題を扱う。これら二つの決定要素は相互に依存しており、大規模な問題設定においては計算負荷が増大する。そこで本稿では、木構造を有する自動倉庫における水平方向の移動コスト最小化を目的関数とした交互最適化アルゴリズムを提案する。本手法は、問題をオーダーの搬出口割当と荷物配置の部分問題に分解し、交互に解を更新することで効率的に準最適解を探索する。数値実験を通じて提案手法の適用可能性を検証し、計算時間および目的関数値の観点から、その特性と有効性について評価を行う。