分子通信研究において、コンピュータシミュレーションは重要な研究手法として注目されている。本研究では、様々な規模や種類のシナリオに適用できる汎用的な分子通信シミュレータの設計と実装を目的とした。提案シミュレータはマルチエージェントモデルに基づき、細胞間の物理的・化学的相互作用による集合的振る舞いを柔軟に再現できる。計算効率向上のため、Cell-List法およびBarnes–Hut法を実装し、処理時間と精度の観点で有効性を確認した。また、細胞成長、クラスター形成、ネットワーク形成、シグナル伝搬など多様なシナリオを少ないコード量で実装できることを示した。