化合物の類似検索は創薬や化合物の特性調査などにおいて必要となる重要な要素技術である．近年は化合物の構造をバイナリベクトルに変換した分子フィンガープリントを利用した検索が主流となっており，大規模な化合物データベースから目的化合物を得るための範囲検索技術が求められている．しかし，既存の化合物データベースではデータベース内の化合物全てと類似評価を行う必要があり，検索に膨大な時間を要する．そこで本稿では化合物データベースに対する高速な範囲検索アルゴリズムを提案する．提案手法は事前処理としてクラスタ索引を構築することで，計算すべき分子フィンガープリント数を効率的に削減する．