情報処理学会 第87回全国大会

2ZK-06
アミノ酸をリンカーとするPROTACのタンパク質分解能予測
○長谷 叶,藤江拓哉,大上雅史(科学大)
PROTAC (Proteolysis Targeting Chimeras) は、ユビキチン・プロテアソーム系を介して標的タンパク質の分解を誘導する新しい創薬アプローチとして注目されている。PROTACは2種のリガンドをつなぐリンカーの設計が重要であり、形状の制御のためにアミノ酸を活用することが検討されている。本研究では、アミノ酸の一種であるOligoNMAをリンカーとして用いたPROTACのタンパク質分解性能を、計算によって評価した。MOEのProtein Degrader ToolsのMethod 4Bを用いて、標的タンパク質、E3リガーゼ、PROTACそれぞれの間の相互作用エネルギーの和を計算し、PROTACのタンパク質分解効率との相関を検討した。