本研究ではグラフ表示を用いたタンパク質のアミノ酸配列の比較における、最適なアミノ酸指標の組み合わせを探索する。アミノ酸配列のグラフ表示は、各アミノ酸にアミノ酸指標データベースである AAindex 中の指標値を成分とするベクトルを割り当て、配列毎に多次元座標群を生成することにより行う。その後、得られた座標群に対して主成分分析を施し、その第1主成分に対する固有ベクトルを基に算出した配列間の類似度から系統樹を作成する。Clustal Omega により得られる系統樹との Robinson-Foulds 距離により結果を評価し、最適なアミノ酸指標の組み合わせを求める。