現在のクロマグロ養殖において，稚魚の個体ごとの生育状況の把握はバケツや柄杓を用いた手作業にて行なっている．人手による方法は作業員への負担が大きい．さらに稚魚は外傷によるストレスに影響され，死滅に繋がる可能性が高い．そこで，カメラ映像を用いた非接触による稚魚の複数個体追跡を行う．しかし，映像中には水面の揺らぎや光の反射及び稚魚の交差による遮蔽が存在する．提案手法では深層学習による物体検出のあと，カルマンフィルタとハンガリアンアルゴリズムを組み合わせた手法により遮蔽に頑健な複数個体追跡手法を提案する．これにより，実用的な複数個体追跡が可能となり，養殖における生産性の向上の一助になると考えられる．