2020年1月に新型コロナウイルス感染症(COVID-19)の発生が中国の武漢から広まってから、２年を過ぎようとしているが、新たな変異株によりパンデミックは収束が未だ見えない。本研究は、東京と大阪における感染流行の拡大収束を評価する疫学的指標の実効再生産数指数(Rt)を回帰分析した。一方、都道府県における累積感染者数、累積死者数、３密に影響を与える２要素（土地面積、人口）、気候４要素（温度、湿度、降水量、蒸気圧）を主成分分析とクラスター分析し、Rtの回帰分析結果と比較して相関性を確認した。その結果、COVID-19新規感染者数は、3密に影響を与える２要素と感染症に影響を与える気候４要素により影響することを検証した。