タンパク質は20種類のアミノ酸から構成されている.アミノ酸はα-炭素（Cα）に結合する側鎖が異なる.進化論の先駆者であるチャールズ・ダーヴィンは,地球上のすべての生物は,たった一つの共通祖先から進化したと述べた2）.そのため,複数の生物のタンパク質に似たような部分構造が見られる.その部分構造は進化の過程で何かしらの機能を維持するために保存されている.
約10万種のタンパク質の立体構造を1000×1000の距離行列を用いて表現し,畳み込みオートエンコーダで特徴量を計算した.計算した特徴量から特ユークリッド距離が最も近いものから進化的保存部分の同定を目指した.