情報処理学会 第78回全国大会講演要旨

1本鎖DNAにおいて塩基のAとT、GとCの数がおよそ等しくなることが知られており、これをシャルガフの第2パリティ則と呼ぶ。さらに、これを拡張して、複数の塩基単位である語とその相補的な語の場合でも、同様の法則が成立することが報告されており、語と相補的な語の出現数に対称性が見られる。これらの成立要因を明確にすることで、DNA進化に関する新たな手がかりを得ることが期待できる。本研究では、マルコフ連鎖に基づいて、1本鎖DNA中の語の出現数の期待値を算出し、それと実際のDNAの語の出現数とで差をとり、相関係数を用いて語の出現数の対称性を評価することで、シャルガフの第2パリティ則の成立要因を探る。