1ZF-3
GPU配列相同性検索ツールのマルチGPU向け最適化と長断片への対応
○坂田幸佑,鈴木脩司,石田貴士,秋山 泰(東工大)
近年、次世代シーケンサーと呼ばれるハイスループットなゲノム解読装置が
登場し、大量のDNA断片を短時間で得ることが可能になったが、データの情報解
析が追いつかないという深刻な問題が発生している。これに対して先行研究では
GPUを用いて処理することで高速化を実現させた。しかし更なる高速化にはマル
チGPU環境への対応が期待される。また最新型のシーケンサーから得られる配列断片が長くなりつつあることで、GPUのメモリ容量の制限内で処理するには
設計変更が必要である。そこで本研究では、先行研究で開発された高速なマッピ
ングツールを更に高速化するために、マルチGPU環境向けの最適化と長断片への
対応に取り組んだ。