情報処理学会 バイオ情報学研究会 (SIG BIO)

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論文誌　IPSJ Transactions on Bioinformatics

趣旨

20 世紀後半における科学技術の発展の中心は、情報科学とバイオサイエンスでした。21世紀は、この両分野が協調して、いよいよ生命の謎を解明し、人類の進歩 に役立てる時代です。バイオ情報学と総称される生命科学と情報科学の境界領域は、魅力的かつ社会的必要性の大きな学問領域です。バイオ情報学においては、 DNA配列のみならず、タンパク質立体構造、遺伝子発現データ、各種相互作用データなどの多種かつ大量のデータから、有用な知識を抽出する情報技術の開発 が必要です。そのためには既存手法の活用も重要ですが、バイオデータの特性に合わせた新たな情報解析手法の開発も必要となります。また、細胞から臓器、 脳、さらには個体に至るまで、様々なレベルの生命システムの数理モデルを構築・解析し、生命の構築原理、動作原理を情報科学の立場から明らかにしていく必 要もあります。

本論文誌では、バイオ情報学、計算生物学、および、関連分野について、情報科学・数理科学を中心としながらも、幅広い視点からの論文を英文で迅速に発表す る場を提供し、科学、工学の発展に貢献するとともに、国際的な情報発信の手段を提供することも目的とします。

本論文誌は、バイオ情報学（BIO）研究会が編集／財務責任研究会となり刊行いたします。

対象分野

バイオ情報学（バイオインフォマティクス、計算生物学を含む）全般です。
テーマの例として以下を含みます。

論文の形式

論文の形式などは、情報処理学会論文誌や他のトランザクション論文誌と同様とします。
ただし、英語論文だけを対象とし、論文誌本体に用いる言語はすべて英文とします。
論文の種類としては、original paper, survey paper, database/software paper の3種類があります。

論文誌刊行予定

2006年度より毎年度11月、3月に刊行してきました。 2008年度にJ-Stageによるオンライン出版への移行に伴い 論文誌をリニューアルしました。リニューアル後の第1号は 11月に刊行しました。
投稿は随時行うことができ、投稿後できるだけ1か月以内に最初の判定結果をお知らせするようにしています。
改訂が必要となった場合の再査読もできるだけ短期間に行うようにしています。

査読の方針

基本的な考え方として、減点法ではなく、論文のよい点を積極的に評価いたします。内容に本質的や誤りがないと思われ、新規性、もしくは、有用性が十分にあ れば、採録します。粒のそろった妥当な論文だけを集めるのではなくて、既存の評価軸にはかからなかったが、将来、高く評価されるかもしれない論文を見逃さ ないようにしたいと考えています。国際英文論文誌などに投稿して不採録となった論文も上記の条件を満たせば積極的に採録していく予定です。そのためには従 来の基準での厳しい評価は求めないこととします。ただし、将来的に英文論文誌として国際的に認知されることを目標としていますので、英語が一定のレベルに 達していることは必須といたします。

既刊号目次

2007年度までの既刊号目次とアブストラクトは BookPark のwebページ を通してご覧いただけます。 2007年度までの掲載論文は IPSJ Digital Courier を通じてオープンアクセス可能となっています。 2008年度からはJ-Stageによるオンライン出版・オープン アクセスに移行しました。詳細につきましては以下のページを ご参照ください。
http://www.ipsj.or.jp/09sig/transaction/ipsj-transactions.html
http://www.ipsj.or.jp/03somu/kinen_jigyo/50anv/d-library/dl-ronbun-200710kaikoku.html#trans

論文投稿の手引き

  1. 論文の使用言語
    • 論文は英文で書かれたものだけを受け付けます。
    • 編集委員からの連絡、および、査読結果、コメントの報告は原則として日本語で行われます。
  2. 電子メールによる投稿
    • 論文は電子メールでだけ受け付けます。採択決定までは原則として著者と編集委員のやりとりはすべて電子メールで行われます。
  3. 論文の種類 ：　本論文誌は次の３種類の論文を受け付けます。なお、いずれの論文に対しても査読が行われます。
    【オリジナル論文(original paper)】
    バイオ情報学に関するオリジナルな研究成果について述べた論文
    【サーベイ論文（survey paper）】
    バイオ情報学に関する既存研究のサーベイを行った論文。ただし、読者にとって有用性のあるサーベイである必要があります。
    【データベース・ソフトウェア論文(database/software paper)】
    開発し、かつ、公開したデータベースもしくはソフトウェア（Webサーバーを含む）を紹介する論文です。方式自体は既存のものを用い ていても構いませんが、他のデータベースやソフトウェアと比較して有用性があることが必要です。最終フォーマットに換算して3ページ以上の長さであること が必要です。
  4. 他の発表との内容の重複
    • 当論文誌としては、査読付き国際会議など論文誌以外の機会で発表されていることをもって不採録の理由とはいたしません。著作権につい ては、著者の責任において解決されており、採択時には問題なく本会への委譲が行われるものとして、査読・掲載の手続きを行います。なお、既発表の Journal 論文とは、使用言語にかかわらず、異なる内容のものであることが必要です。
  5. 著作権
    • 最終原稿の著作権は「情報処理学会著作権規定」に従い情報処理学会に帰属します。詳細についてはこちらを参照く ださい。
  6. 投稿手順
    • 論文投稿の際には、まず、投稿フォーム（テキストファイル）を添付し て trans-bio-editors にメールをご送付下さい。
    • その直後に、論文本体を添付ファイルとしたメールをtrans-bio-editorsにご送付下さい。なお、上記メールアドレスには @ipsj.or.jp を最後に追加して下さい。 他の箇所も同様です。
  7. 投稿時の論文フォーマット
    • 特別なフォーマットはありません。ただし、次の条件を満たす必要があります。
    • サイズはA4版であること
    • タイトル、著者名、著者所属、キーワード、アブストラクト（200 word程度）を含むこと
    • MS−WordもしくはPDF形式のファイルを添付ファイルとして送付。1Mbyteを越える場合には、Gzip や LHA などの標準的な圧縮ソフトを用いて圧縮すること。ファイル形式および圧縮ソフトの形式を明記すること。
  8. 論文別刷り
  9. 投稿資格
    • 情報処理学会の会員以外の投稿も認めます。ただし、著者はできるだけ、情報処理学会会員およびバイオ情報学研究会登録者であることが 望まれます。
  10. 最終原稿
    • 論文が採択された後は、情報処理学会論文誌（トランザクション）の規定に従って最終原稿を提出していただきます。トランザクションの 執筆案内については、こちらを 参照下さい。
    • 最終原稿は学会所定のLaTeXスタイルファイルを用いた形式によるものしか受け付けません。
    • スタイルファイルについてはこちらを 参照下さい。
  11. 研究会での発表
    • 論文出版のためには研究会での発表が必要です。なお、論文が採択された後で発表して下さっても結構です。
  12. 以下のいずれかの場合にはコメント無しで不採録とする場合があります。ただし、以下の3種類のうち、いずれの理由であるかはお知らせします。
    • 英文が論文として掲載するレベルに達していないと判断した場合。
    • 論文の内容が当該論文誌の対象でないと判断した場合。
    • 既存研究と比較して新規性や有用性がほとんど無いと判断した場合。
  13. 改訂論文の投稿
    • 論文改訂は原則として1回のみといたします。
    • 改訂期間は査読結果の受領後、原則として1か月以内とします。2か月を過ぎた場合には新規投稿論文として扱われることがあります。
    • 改訂論文は担当編集委員、および、trans-bio-editors　に送付して下さい。なお、改訂論文とともに、質問への回答、 および、改訂事項などを記載した文書も添付して下さい。文書が添付されない場合には、不採択となる場合があります。
  14. 査読期間
    • 最初の査読期間は論文受領を著者に通知してから1か月程度を目標とします。
    • 以下の場合には trans-bio-editors までメールでご連絡下さい。再査読の場合も同様です。
      1. 論文投稿後1週間経過しても受領通知が来ない場合。
      2. 受領通知を受け取ってから1か月を経過しても査読結果が来ない場合。
  15. 論文誌掲載までの期間
    • IPSJ Transactions on Bioinformatics は年2回刊行予定ですので、 最終原稿提出から掲載までには数ヶ月以上かかる場合があります。 ただし、将来は随時刊行に移行予定です。
    • 2008年度より、J-Stageによるオンライン出版に移行しました。 詳 しくは、こちらをご参照ください。

論文投稿フォーム

論文投稿フォームはこちらよりダウンロードしてください

論文査読プロセス

  1. 論文投稿から採択までの作業は、基本的にメーリングリストだけを用いて行います。
  2. 査読プロセスにおいては次のメーリングリストを利用します。下記メールアドレスには @ipsj.or.jp を最後に追加して下さい。

査読用フォーム

査読用フォームはこちらよりダウンロードしてください

2010年度編集委員会

委員長
渋谷哲朗（東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センター）

副委員長
五斗進（京都大学化学研究所バイオインフォマティクスセンター）
関嶋政和（東京工業大学）
竹中要一（大阪大学大学院情報科学研究科バイオ情報工学専攻）

委員
阿久津達也（京都大学化学研究所バイオインフォマティクスセンター）
石井信（京都大学情報学研究科システム科学専攻）
伊藤公人（北海道大学人獣共通感染症リサーチセンター）
大川 剛直（神戸大学大学院 工学研究科 情報知能学専攻）
大羽成征（京都大学情報学研究科システム科学専攻）
加藤 毅 (東京大学新領域創成科学研究科情報生命科学専攻)
金谷重彦（奈良先端科学技術大学院大学情報科学研究科）
木下賢吾 (東北大学大学院情報科学研究科)
倉田博之（九州工業大学大学院情報工学研究院生命情報工学研究系）
小長谷明彦（東京医科歯科大学）
佐藤 健吾(東京大学新領域創成科学研究科情報生命科学専攻)
佐藤賢二（金沢大学理工学域電子情報学類）
瀬々潤（お茶の水女子大学理学部情報科学科）
田口善弘（中央大学理工学部物理学科非線型物理学研究室）
遠里由佳子（立命館大学生命科学部生命情報学科）
坂内英夫（九州大学大学院システム情報科学研究院情報理学部門）
藤渕 航 (産業技術総合研究所)
吉本潤一郎（沖縄科学技術研究基盤整備機構大学院大学先行研究事業）
過去の編集委員会：2006年度, 2007-2008年度 ,2009年度
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