| 回 | 開催日 | 会場 | プログラム |
|---|---|---|---|
| 第1回 | 2005年7月25日（月） | 独立行政法人 産業技術総合研究所 | プログラム |
| 第2回 | 2005年10月7日（金） | 京都大学バイオインフォマティクスセンター | プログラム |
| 第3回 | 2005年12月22日（木） | 東京大学医科学研究所講堂
（バイオインフォマティクス学会生物情報ネットワーク研究会と共催） |
プログラム |
| 第4回 | 2006年2月9日（木），10日（金） | 北海道大学 | プログラム |
| 第5回 | 2006年6月15日（木）16日（金） | 沖縄先端科学技術大学院大学ゲストハウス
電子情報通信学会「ニューロコンピューティング」研究会と共催 |
プログラム |
| 第6回 | 2006年9月15日（金） | 奈良先端科学技術大学院大学 | プログラム |
| 第7回 | 2006年12月21日（木），22日（金） | 電気通信大学 | プログラム |
| 第8回 | 2007年3月5日（月） | 大阪大学豊中キャンパス基礎工学部国際棟シグマホール | プログラム |
| 第9回 | 2007年6月13日（木）14日（金） | 沖縄科学技術研究基盤整備機構シーサイドハウス 電子情報通信学会ニューロコンピューティング研究会と共催 バイオ情報学沖縄ワークショップ（テーマ：機械学習とバイオ情報学）として開催 |
プログラム |
| 第10回 | 2007年9月13日（木）14日（金） | 公立はこだて未来大学大学院研究棟 R791講義室 | プログラム |
| 第11回 | 2007年12月20日（木）21日（金） | 産業技術総合研究所 臨海副都心センター | プログラム |
| 第12回 | 2008年3月3日(月)，4日(火) | 九州大学伊都キャンパス | プログラム |
| 第13回 | 2008年6月26日（木），27日（金） | 琉球大学 50周年記念館（沖縄県中頭郡西原町） | プログラム |
| 第14回 | 2008年9月18日(木)，19日(金) | 北海道大学百年記念会館 | プログラム |
| 第15回 | 2008年12月17日(水)、18日(木) | 大阪大学豊中キャンパス | プログラム |
| 第16回 | 2009年3月5日（木）, 6日（金） | 中央大学後楽園キャンパス | プログラム |
| 第17回 | 2009年5月25日（月）、26日（火） | 沖縄科学技術研究基盤整備機構シーサイドハウス 電子情報通信学会ニューロコンピューティング研究会と共催 |
プログラム |
| 第18回 | 2009年9月17日（木）、18日（金） | 北海道大学学術交流会館 | プログラム |
| 第19回 | 2009年12月17日（木）、18日（金） | 電気通信大 | プログラム |
| 第20回 | 2010年3月4日（木）5日（金） | 北陸先端大 人工知能学会分子生物情報研究会 SIGMBI、オープンバイオ研究会と連催 |
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