情報処理学会 第76回全国大会講演要旨

ゲノム配列を比較する一般的な方法としてアライメントがある。
しかし、アライメントはゲノム配列のような長い配列を比較する
場合は計算量が非常に多くなるという問題がある。計算量を抑えて
ゲノム配列を分析する方法の一つとしてゲノム配列のグラフィカル表現がある。
本研究では、そのグラフィカル表現から配列間の類似性を
評価するための特徴量を取り出す新たな方法を提案している。
この方法は、数値化したゲノム配列から画像を作成し、
その画像から局所パターンをカウントすることによってゲノム配列の
特徴量としている。取り出した特徴量から構成されるベクトル間の距離を
計算することによって、ゲノム配列間の類似性を求める。