情報処理学会 第76回全国大会講演要旨

現在、ゲノムの解析には次世代シーケンサと呼ばれるハイスループットなゲノム読み取り装置が用いられている。しかしこのシーケンサはゲノムを読み取る際に元のゲノム配列を短く切断してしまうため、読み取った短いゲノム配列を元の長いゲノム配列に再構築（アセンブリ）する必要が有るが、ゲノムアセンブリには膨大な量のメモリが必要となることが知られている。本研究では、代表的なショートリード向けのアセンブラの1つであるVelvetについて、ハッシュテーブルやde Bruijn Graphなどのデータ構造を分割する手法を提案した。これによりハッシュテーブルやde Bruijn Graph1つあたりの消費メモリ量を削減し、少量のメモリしか搭載していない計算機でも大規模なゲノムのアセンブリを可能にした。