情報処理学会 第75回全国大会講演要旨

Basic Local Alignment Search Tool (BLAST)は最も有名なシーケンスアライメントツールの一つである。シーケンスアライメントとはタンパク質（またはDNA）データベースから検索対象となるタンパク質（またはDNA）配列を列挙することであり、配列同士の類似部分検索のために使用される。シーケンスアライメントは、生物学上の進化や遺伝子系図を調べる上で重要であることから、バイオインフォマティクス分野では欠かせない情報である。
BLASTは前処理部、seeding（ステップ1）、ungapped extension（ステップ2）、gapped extension（ステップ3）、traceback部という処理からなる。しかし、前処理部、traceback部を含んだBLASTアルゴリズム全体のハードウェア化は行われてこなかった。本稿では、前処理部、traceback部のハードウェア化を提案し、ホストPCとの通信ボトルネックを解消することによりBLAST全体の高速化を行ったので報告する。